Curador: Dr. Alexandre Aleixo
La Colección Ornitológica del MPEG surge al final del siglo XIX y se consolida a partir de 1905. Cuenta actualmente con alrededor de 80 000 especímenes distribuidos en fondos tradicionales (pieles taxidermizadas, piezas en medio líquido y material osteológico), y de material genético (tejidos), y en la actualidad es la única colección ornitológica nacional que consolida una sub-colección de recursos genéticos (más de 3500 muestras de tejido, plumas y sangre).De esta forma la Colección Ornitológica del MPEG es pionera en Brasil, siguiendo la tendencia mundial de integrar fondos tradicionales con fondos dirigidos hacia el estudio de la sistemática molecular y genética de población de aves.