O núcleo de BioGeoInformática do PPBio é formado por um conjunto de profissionais de Tecnologia da Informação e de Biologia, cujo objetivo é desenvolver aplicativos para gerenciamento das informações biológicas geradas pelo Programa. A coordenação do núcleo encontra-se no Museu Paraense Emilio Goeldi e conta com a colaboração de profissionais lotados nos núcleos regionais, principalmente na Universidade Federal do Pará e Universidade Federal do Tocantins.