O Núcleo Regional Leste do Pará acumula também a função de Núcleo Executor da Amazônia Oriental. Sediado no Museu Paraense Emílio Goeldi, o NR Leste do Pará coordena todas as atividades de coleta e curadoria referentes ao sítio de coleta na Floresta Nacional de Caxiuanã (Flona Caxiuanã). Além disto, o Núcleo tem a função de formar parcerias com as demais instituições da Amazônia Oriental para implantar novas parcelas do PPBio. Atividades como coordenação de protocolos de coleta, gerenciamento financeiro, treinamento também são funções deste Núcleo, que conta com 49 pesquisadores cadastrados, 37 colaboradores, 13 técnicos e 28 estudantes de graduação e pós-graduação.