El Núcleo Regional del Este del Pará (NREP) desempeña el papel de un Núcleo Ejecutor del PPBIO Amazonía Oriental. Su sede se encuentra en el Museo Paraense Emilio Goeldi, desde donde el NREP coordina todas las actividades de recogida de datos y de curaduría de la Amazonía Oriental. Además, el Núcleo tiene la función de establecer alianzas con las demás instituciones de la Amazonía Oriental para establecer nuevos Núcleos Regionales y nuevos sitios de investigaciones del PPBIO. Otras funciones del Núcleo son la coordinación de los protocolos de recogida de datos, la gestión y la capacitación. El Núcleo cuenta con 49 investigadores registrados, 37 colaboradores, 13 técnicos y 28 estudiantes de grado y postgrado. Además de contar con investigadores del Museo Paraense Emilio Goeldi (MPEG), del Núcleo la Universidad Federal de Pará (UFPA), del Instituto Nacional de Investigaciones Espaciales (INPE), la EMBRAPA (CPATU), de la Universidad Federal Rural de Pará (UFRA) así como de la Universidad del Estado de Pará -UEPA. Las instituciones colaboradoras son: la Universidad Federal de Rio Grande do Sul (UFRGS), la Universidad Federal de Viçosa (UFV), la Universidad del Estado de São Paulo (USP), Royal Botanic Gardens-Kew, entre otras. La región del Este de Pará se encuentra dentro de la zona más deforestada de la Amazonía brasileña, conocida como el arco de la deforestación y que atañe a tres centros de endemismo: Belén, Xingú y Tapajós. Tanto los centros de endemismo Belén como el de Xingú, recubren áreas en el Este de Pará. Sin embargo la intensidad del uso de la tierra y la deforestación no se encuentran distribuidas por igual entre estos centros, siendo el centro de endemismo Belén el que está más amenazado, dada la ocupación histórica de las frentes de colonización pioneras. Por otro lado los centros Tapajós y Xingú sufren con una ocupación más reciente, en un proceso mucho más acelerado de pérdida de hábitats, con la substitución de la cobertura forestal, debido principalmente a la actividad ganadera extensiva. Esta situación caracteriza un paisaje sui generis, que normalmente se encuentra en las regiones de más impacto de la Amazonía, donde la matriz del hábitat se constituye por un paisaje predominantemente deforestado, con la conservación de fragmentos o de restos del bosque. Este escenario le otorga a las acciones del PPBio del Este de Pará un carácter de extrema importancia debido a la urgencia de conocer la biodiversidad, principalmente en aquellas áreas todavía bien conservadas de esta región. Entre las actividades del NREP se encuentran las investigaciones en el sitio permanente del PPBio en el Parque Nacional de Caxiuanã y un gran conjunto de áreas menos exploradas, donde lleva a cabo expediciones exploratorias para registrar la biodiversidad. Además de eso el Núcleo responde por las principales colecciones biológicas de la Amazonía y es el responsable de la coordinación del Censo de la Biodiversidad de esta región.