El PPBio presenta dos tipos de protocolos de investigación. Los protocolos de datos básicos y los protocolos de estudios biológicos.
En los protocolos de datos básicos se presentan conjuntos de variables ambientales que deben ser medidas de forma estandarizada. Estos protocolos son recomendaciones de datos mínimos que no agotan las posibilidades de estudios más completos en otros emplazamientos.
Un protocolo de estudiosbiológicos del PPBio constituye un conjunto de técnicas utilizadas simultáneamente para tener acceso a un determinado grupo de organismos. En la elaboración de los protocolos se buscó la optimización en el uso de los recursos de tiempo, materiales, financieros y humanos. Los protocolos se delinearon para que sean ejecutados en todos los emplazamientos de toma de datos del PPBIO, y los investigadores que en ellos participan se encuentren directamente involucrados con la capacitación de técnicos y la formación de recursos humanos especializados en los Núcleos Regionales asociados a esos emplazamientos.
Todos los protocolos presentan una unidad de esfuerzo demuestreo bien definida, así como el esfuerzo mínimo estimado por lote para un levantamiento rápido. La directriz indica el aprovechamiento integral del delineamiento espacial del emplazamiento, a escala compatible con el grupo taxonómico en cuestión, de modo que se permitan estudios futuros de monitoreo. Los grupos abordados representan una gama variada de la diversidad trófica, ecológica y taxonómica, incluyendo diferentes niveles jerárquicos, permitiendo el establecimiento de un enfoque realista sobre la biodiversidad regional amazónica. Los grupos taxonómicos indicados como objeto para cada protocolo son aquellos cuyo soporte de estudios en taxonomía está acreditado por la comunidad científica local, dado por la existencia de especialistas, y/o una red de especialistas oficialmente comprometidos en la identificación del material recogido dentro del espacio temporal del programa. Otros grupos taxonómicos pueden ser foco de estudio, dependiendo de la disponibilidad del soporte en taxonomía.
Protocolos biológicos
Protocolo 1 - Insectos atrapados con cebos
Protocolo 2 - Invertebrados del Suelo
Protocolo 3 - Insectos de Palmera
Protocolo 4 - Insectos Predadores
Protocolo 5 - Insectos Hematófagos
Protocolo 6 - Invertebrados Acuáticos
Protocolo 7 - Incluydo en el protocolo 4
Protocolo 14 - Hierbas e Epífitas
Protocolo 15 – Diversidad y structura de la vegetacion
Protocolo 16 – Incluydo en el protocolo 15
Protocolos de datos básicos